Algoritmi e linguaggi per bioinformatica - ALGORITMI PER BIOINFORMATICA (2014/2015)

Corso disattivato

Codice insegnamento
4S000525
Docente
Zsuzsanna Liptak
crediti
6
Settore disciplinare
INF/01 - INFORMATICA
Lingua di erogazione
Inglese
Sede
VERONA
Periodo
II sem. dal 2-mar-2015 al 12-giu-2015.
Pagina Web
http://profs.scienze.univr.it/~liptak/ALBioinfo/

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Orario lezioni

Obiettivi formativi

1. comprensione di alcuni dei principali problemi e algoritmi alla base della bioinformatica (allineamento, filogenetica); 2. comprensione delle principali problematiche legate alla computazione (complessita', efficienza, fattibilita').

Programma

ANALISI DI ALGORITMI

Introduzione all'analisi di algoritmi, analisi di tempo e spazzio; notazione per l'analisi di complessita' (O-notation), crescita di funzioni; formalismo su stringhe; combinatorica su stringhe;

ALLINEAMENTO DI SEQUENZE

applicazioni; allineamento di coppie di sequenze; ricerca esaustiva; programmazione dinamica (DP): algoritmo di Needleman-Wunsch (allineamento globale); algoritmo di Smith-Waterman (allineamento locale); altre varianti di questi algoritmi; allineamento multiplo; matrici scoring: PAM (generazione, applicazioni); euristiche per l'allineamento di sequenze e ricerca in basi di dati: dotplots, q-grams, BLAST, FASTA;


FILOGENETICA

introduzione a grafi ed alberi; numero di alberi filogenetici; dati basati su distanza: UPGMA; dati basati su caratteri: Perfect Phylogeny (PP); Small Parsimony: algoritmo di Fitch; Large Parsimony: euristiche

Modalità d'esame

esame scritto e presentazione di un progetto.