Laboratorio di bioinformatica I (2007/2008)

Corso disattivato non visibile

Codice insegnamento
4S01834
Docente
Alejandro Giorgetti
crediti
4
Settore disciplinare
BIO/10 - BIOCHIMICA
Lingua di erogazione
Italiano
Sede
VERONA
Periodo
3° Q dal 7-apr-2008 al 13-giu-2008.

Orario lezioni

3° Q
Giorno Ora Tipo Luogo Note
mercoledì 11.30 - 13.30 esercitazione Laboratorio didattico Alfa  
giovedì 11.30 - 13.30 esercitazione Laboratorio didattico Alfa  

Obiettivi formativi

Il corso si pone l'obiettivo di fornire gli strumenti informatici per l'analisi e l'interpretazione dei dati biologici. Particolare importanza verrà data dall'informazione che si può ricavare dall'analisi delle sequenze nucleotidiche e proteiche. Si propone inoltre di fornire le basi teoriche delle possibili applicazioni dei principali strumenti bioinformatici di uso corrente in proteomica, genomica, biochimica, biologia molecolare e strutturale, mettendo lo studente in grado di utilizzare programmi di genomica funzionale, proteomica e genomica strutturale.

La parte pratica di questo corso mira a fornire agli studenti gli strumenti e i metodi necessari per accedere all'informazione biologica in modo razionale ed efficiente, utilizzando le risorse disponibili in rete e programmi d'ultima generazione.

Programma

Bioinformatica Strutturale:



Introduzione ai database in ambito biologico, loro struttura e metodologie di interrogazione.
Metodiche di allineamento di sequenze.
L’evoluzione delle proteine. L’informazione come misura dell’ordine di un sistema. L’informazione evolutiva. Famiglie e superfamiglie proteiche. Ricerca in banche dati per similarità. Significatività dell’allineamento. Riconoscimento di omologia. I programmi FASTA, BLAST e PSI-BLAST.

Predizione della struttura tridimensionale di una proteina: Modelling comparativo. Relazione quantitativa per la conservazione della struttura primaria e terziaria in proteine omologhe. Il core proteico e le regioni strutturalmente divergenti (SDR). Passaggi per la costruzione di un modello comparativo.

Controllo della qualità di una struttura proteica. Metodi statistici basati su parametri geometrici e di impacchettamento proteico. Applicazione al controllo di un modello proteico.

Predizione della struttura tridimensionale di una proteina: Fold recognition. Metodi basati sui profili, metodi di threading, metodi di mapping.

Predizione della struttura tridimensionale di una proteina: Ab initio. Metodi basati sull’assemblaggio di frammenti e potenziali knowledge-based (euristici).

Genomica:

Ricerca di geni in banche dati. Annotazione di genomi procariotici ed eucariotici. Metodi statistici per la ricerca/annotazione di geni: matrici di punteggio sito-specifiche, Markov Models (MM). Sensibilità e specificità dei metodi. La banca dati ENSEMBL.
Analisi dell’espressione genica: Data mining di dati di espressione:
estrazione ed analisi di dati da database biologici.
Data mining di letteratura scientifica.
Progetto di sequenziamento del genoma umano e progetto ENCODE
Annotazione funzionale:
Gene Ontology (GO).
geni ortologhi: loro funzione nell’annotazione funzionale.
Microarray: Introduzione alle metodologie e studio delle tecniche per l’analisi dei dati

Modalità d'esame

Scritto