Programmazione per bioinformatica - Teoria (2006/2007)

Corso disattivato non visibile

Codice insegnamento
4S00994
Docente
Federico Fontana
crediti
7
Settore disciplinare
INF/01 - INFORMATICA
Lingua di erogazione
Italiano
Sede
VERONA
Periodo
1° Q - solo 1° anno, 2° Q

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Orario lezioni

1° Q - solo 1° anno
Giorno Ora Tipo Luogo Note
martedì 8.30 - 11.30 lezione Aula B  
mercoledì 14.30 - 16.30 lezione Aula B  
2° Q
Giorno Ora Tipo Luogo Note
martedì 8.30 - 11.30 lezione Aula D  
mercoledì 10.30 - 12.30 lezione Aula D  

Obiettivi formativi

Scopo del corso è fornire alcuni concetti base per iniziare a programmare. A un’introduzione alla stesura di algoritmi e loro codifica in termini di linguaggi di programmazione segue una trattazione orientata all’apprendimento del linguaggio Java e all’uso degli oggetti. La parte conclusiva del corso è dedicata a illustrare le caratteristiche di base del linguaggio Perl, dato il notevole interesse rivestito da questo linguaggio in campo bioinformatico.
Alla fine del corso lo studente è in grado di leggere semplici programmi in Java e di usare oggetti predefiniti all’interno di codice autonomamente scritto. Parimenti, sarà in grado di produrre script in linguaggio Perl contenenti funzioni nuove o applicando funzionalità di libreria.

Programma

Prima parte (ottobre-dicembre)

L'organizzazione del computer e i linguaggi di programmazione.

Compilazione, interpretazione ed esecuzione.

Scrittura di codice in ambiente Emacs.

Java:
- Java Virtual Machine
- Esecuzione in ambiente Unix
- Classi e oggetti
- Prototipi e segnature
- Variabili e tipi
- Le istruzioni if e if…else
- Il tipo boolean. Condizioni
- Le istruzioni while e do…while
- L'istruzione for. Variabili indice
- Operazioni. Espressioni. Precedenza. Conversioni di tipo
- Tipi enumerativi
- L'istruzione switch
- File di input.

Seconda parte (gennaio-marzo)

- Array: dichiarazione, creazione e accesso agli elementi
- Inizializzazione esplicita degli array
- Parametri della riga di comando
- Array e tipi enumerativi
- Array multidimensionali
- Introduzione ai tipi generici
- Passaggio dei parametri durante l’invocazione di metodi. Ritorno.
- Organizzazione della memoria
- Metodi ricorsivi
- Metodi con un numero variabile di argomenti.

Perl:
- Esecuzione in ambiente Unix
- Operazioni. Espressioni. Precedenza. Conversioni di tipo
- File di input
- Operazioni su stringhe
- Array: dichiarazione, creazione e accesso agli elementi
- Istruzioni if…else, if…elsif…else, unless
- Istruzioni while, do…while e loro varianti until. Forme abbreviate.
- Istruzioni for e foreach
- Funzioni. Passaggio di parametri. Valori di ritorno. Visibilità delle variabili.

Le lezioni propongono parte dei contenuti dei libri di testo adottati, i quali si pongono dunque come riferimento sufficiente per l'acquisizione delle competenze necessarie al superamento dell'esame.

Testi di riferimento
Autore Titolo Casa editrice Anno ISBN Note
Pighizzini, Ferrari Dai Fondamenti agli Oggetti (Edizione 2) Addison-Wesley 2005 8871922506
Alessandro Bellini, Andrea Guidi Perl e Internet (Edizione 1) McGraw-Hill 1998 8838607788

Modalità d'esame

L'esame consiste nel realizzare o modificare alcuni programmi. Esso e' unificato con l'esame del corso di Laboratorio di Programmazione per Bioinformatica, e viene erogato di concerto con gli altri insegnamenti di Programmazione. La sua valutazione tiene conto della correttezza dei programmi, ma anche della loro semplicità, chiarezza e compilabilità.

Ci sono due modi (non esclusivi fra loro) per superare l'esame di Programmazione e Laboratorio di Programmazione:

1) (consigliato): superando con successo entrambe le prove parziali che si svolgeranno in dicembre 2006 e marzo 2007;

2) superando con successo uno dei sei appelli di Programmazione e Laboratorio di Programmazione che si svolgeranno durante l'anno accademico, con date che verranno pubblicizzate. Se si consegna a uno di questi sei appelli, il voto delle prove parziali o quello dell'appello precedente viene automaticamente invalidato.