Giuditta Franco

Foto,  May 5, 2010
Position
Assistant Professor
Academic sector
ING-INF/05 - INFORMATION PROCESSING SYSTEMS
Research sector (ERC)
PE6_13 - Bioinformatics, biocomputing, and DNA and molecular computation

Office
Ca' Vignal 2,  Floor 1,  Room 72
Telephone
+39 045 802 7045
E-mail
giuditta|franco*univr|it <== Replace | with . and * with @ to have the right email address.

Office Hours

Thursday, Hours 9:30 AM - 11:30 AM,   Ca' Vignal 2, Floor 1, room 72

Curriculum

Laureata in Matematica a Pisa (2001), GF ha conseguito il dottorato in Informatica, con una tesi intitolata “Biomolecular Computing - Combinatorial Algorithms and Laboratory Experiments”, a Verona (2006), dove attualmente afferisce come ricercatrice universitaria a tempo indeterminato, dopo diversi contratti e assegni di ricerca presso l’università di Pisa (sia al dipartimento di matematica che in quello di informatica, 2001-2003), l’università di Verona (sia al dipartimento di informatica che al centro di ricerca CBMC, 2003-2007) e all’estero (sia al LIACS, Leiden Institute of Advanced Computer Science, in Olanda, e al dipartimento di Matematica della USF, University of South Florida, USA, 2005-2006). Ha trascorso diversi soggiorni all'estero, in particolare negli Stati Uniti (presso la USF e presso l’università SUNY a Binghamton) and in Olanda (presso LIACS), e ha maturato un certa esperienza di sperimentazione biotecnologica tramite alcuni tirocini in laboratori di biologia molecolare (sia al dipartimento di Biotecnologia che in quello di Patologia Generale all’università di Verona, e al dipartimento di scienze biologiche all’università di Binghamton , NY, USA).
 
Si occupa di ricerche che spaziano tra la matematica discreta e l'informatica teorica, con particolare interesse su i) progettazione di modelli computazionali di sistemi biologici e processi metabolici, ii) progettazione e implementazione di algoritmi di calcolo biomolecolare, iii) proprietà computazionali di operazioni su stringhe DNA, iv) analisi informazionale di genomi, e v) progettazione di modelli su dati immunologici e di bioreattori. Ha lavorato sull'analisi informazionale di sequenze DNA e sulla modellazione dinamica, mediante sistemi a membrane e analisi di serie temporali multivariate, di processi immunologici e di processi di rimarginazione di tessuti cellulari. Risultati recenti riguardano un modello dei cambiamenti legati all’età della rete di B cellule umane e un modello di evoluzione di popolazioni batteriche. In passato ha portato avanti una ricerca incentrata sullo studio analitico e sperimentale (in laboratori di biologia molecolare) di algoritmi biomolecolari, col risultato di aver individuato nuovi metodi di estrazione e ricombinazione di DNA, scoperto funzionalità informazionali e computazionali nei principi che caratterizzano la struttura del DNA, e introdotto nuovi modelli teorici per la generazione di strutture tridimensionali di DNA tramite il noto processo di "self-assembly”. Su questo e altro ha coautorato circa 50 articoli scientifici, alcuni dei quali pubblicati su riviste internazionali, come Mathematical Biosciences, TCS, Natural Computing, Biosystems, BMC Genomics, The Journal of Logic and Algebraic Programming, e partecipato come relatrice a circa 30 congressi internazionali, con una ventina di presentazioni su invito.
 
Prende parte a PC di diverse conferenze, e serve come revisore diversi giornali internazionali, tra cui quelli dell’American Mathematical Society. Frequentemente offre consulenze scientifiche alla commissione europea (EC) come revisore remoto di progetti europei. Ha diverse esperienze come co-editrice di giornali internazionali, una lunga esperienza di attività didattica (2002-2020), che include la supervisione e il tutoraggio di tesi e stages di studenti, sia in Italia che all’estero.

Modules

Modules running in the period selected: 24.
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Course Name Total credits Online Teacher credits Modules offered by this teacher
Bachelor's degree in Bioinformatics Discrete Biological Models (2022/2023)   6    (Esercitazioni)
Bachelor's degree in Bioinformatics Informational Methods (2022/2023)   6  eLearning
Master's degree in Medical Bioinformatics Natural Computing (2022/2023)   6  eLearning
Bachelor's degree in Bioinformatics Informational Methods (2020/2021)   6  eLearning
Master's degree in Medical Bioinformatics Natural Computing (2020/2021)   6  eLearning
Master's degree in Medical Bioinformatics Natural Computing (2019/2020)   6  eLearning
PhD in Computer Science The human olfactory system (2019/2020)   50  eLearning
Master's degree in Medical Bioinformatics Natural Computing (2017/2018)   6   
Bachelor's degree in Bioinformatics Informational Methods (2016/2017)   6   
Master's degree in Medical Bioinformatics Natural Computing (2016/2017)   6   
Master's degree in Bioinformatics and Medical Biotechnology Models of Natural Computing (2015/2016)   6   
Master's degree in Bioinformatics and Medical Biotechnology Models of Natural Computing (2014/2015)   6  eLearning
Bachelor's degree in Bioinformatics Discrete Biological Models (2013/2014)   6   
Master's degree in Mathematics Mathematical Methods for Computer Science (2013/2014)   6   
Bachelor's degree in Bioinformatics Discrete Biological Models (2012/2013)   6   
Bachelor's degree in Bioinformatics Discrete Biological Models (2011/2012)   6   
Bachelor's degree in Bioinformatics Discrete Biological Models (2010/2011)   6   
Bachelor's degree in Bioinformatics Discrete Biological Models (2009/2010)   6   
Masters in Molecular and Industrial Biotechniques Infobiotics (2009/2010)   4   
Bachelor's degree in Bioinformatics (until 2008-2009) Discrete Biological Models (2008/2009)   5   
Masters in Molecular and Industrial Biotechniques Infobiotics (2008/2009)   4   
Bachelor's degree in Bioinformatics (until 2008-2009) Algorithms and Data Structures (2007/2008)   10    Laboratorio
Masters in Molecular and Industrial Biotechniques Infobiotics (2007/2008)   4   
Masters in Molecular and Industrial Biotechniques Infobiotics (2006/2007)   4   

 
 

Research groups

Algorithmic Bioinformatics and Natural Computing
Application of theoretical methods and data analysis to model information underlying biological processes: graph and string algorithms for systems biology; advanced data structures for sequence data; distance measures for biological sequences; natural (biotechnological, membrane) computing; pattern recognition, machine learning for biomedical data.
Bioinformatics and Natural Computing
Algorithmic analysis of biological processes.
Research interests
Topic Description Research area
Bioinformatics and Natural Computing Our research is mainly focused on the following topics: 1) Discrete and algorithmic analyses of biological dynamics (metabolism and replication, and their interplay in cellular processes); 2) Informational and computational analysis of genomes (genomic dictionaries, genomic indexes, genomic distributions of specific parameters, genome representations, genome synthesis and reconstruction from dictionaries). In these research areas, theories and algorithms are investigated and software packages are developed for computational experiments and analyses. Bioinformatics and medical informatics
Life and medical sciences
Biological network dynamics Design and analysis of data-driven computational models, for both metabolic and immunological dynamics, based on grammars ruled by state functions. Biological network dynamical properties are investigated in terms of discrete mathematics and model simulation. Membrane and metabolic computing for biological modeling. Genetic network investigation based on computational genomics studies. Bioinformatics and medical informatics
Life and medical sciences
Computational genomics and DNA computing Investigation and classification of genomic sequences by means of information theory based methods. Design and analysis of both bio-inspired and molecular algorithms, along with their lab implementation. Bioinformatics and medical informatics
Life and medical sciences
Projects
Title Starting date
Modelli simbolici di dinamiche cellulari: algoritmi biomolecolari e sistemi dinamici a membrana - Rinnovo (PRIN 2006) 2/9/07
Modelli simbolici di dinamiche cellulari 12/1/04
Modelli simbolici di dinamiche cellulari: algoritmi biomolecolari e sistemi a membrana. (PRIN 2004) 11/30/04
Bio-molecular algorithms for NP complete problems 2/21/03





Giuditta Franco
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