Bioinformatica e informatica medica

L'area di Bioinformatica e informatica medica è intesa a sviluppare e sperimentare modelli, piattaforme di calcolo e algoritmi in svariati contesti di: Bioinformatica e Informatica biomedica, Robotica, Sistemi multimediali. Le applicazioni di Bioinformatica e Informatica biomedica si concentrano su aspetti di: biologia computazionale, calcoli naturali, genomica computazionale, algoritmica bioinformatica, sistemi informativi e basi di dati clinico-sanitari, "warehouses" e "data mining" clinici. Le applicazioni robotiche sono rivolte ai settori di "service robotics" e "field robotics", ove i sistemi robotici, piuttosto che riguardare specifiche operazioni manifatturiere, sono mirati all'assistenza e all'ausilio di competenze e abilità umane: chirurgia robotica, robotica esplorativa, robotica nell'assistenza di anziani e disabili, fino alla robotica per la logistica e per gli impieghi in disastri naturali e attacchi terroristici. Le applicazioni multimediali riguardano: l'analisi di dati biomedici, la video-sorveglianza, la ricerca di tecniche avanzate di elaborazione di immagini e segnali, la "computer graphics", i metodi di visualizzazione scientifica, la "computer vision", le tecniche di "machine learning", e il riconoscimento di "pattern" con metodi statistici.

Documenti

pdf Brochure di presentazione dell'area  (pdf,  it, 246 KB)
pdf Presentazione Research Day 2017  (pdf,  it, 5733 KB)
Manuele Bicego
Professore associato
Vincenzo Bonnici
Assegnista
Umberto Castellani
Professore associato
Alberto Castellini
Borsista
Ferdinando Cicalese
Professore associato
Carlo Combi
Professore ordinario
Alessandro Daducci
Ricercatore a tempo determinato
Giuditta Franco
Ricercatore
Rosalba Giugno
Professore associato
Zsuzsanna Liptak
Ricercatore
Vincenzo Manca
Professore ordinario
Luca Marchetti
Professore a contratto
Gloria Menegaz
Professore ordinario
Barbara Oliboni
Ricercatore
Romeo Rizzi
Professore associato
Competenze
Argomento Persone Descrizione ISI-CRUI
Applied computing - Life and medical sciences aderente allo standard  ACM 2012
Algoritmi per la Bioinformatica Ferdinando Cicalese
Progettazione ed analisi di algoritmi per la rappresentazione, l'elaborazione e l'analisi di grosse moli di dati biologici (i cosiddetti dati -omici). Lo scopo è lo sviluppo e l'applicazione di procedure di analisi ed inferenza per la risoluzione di importanti problemi in "life sciences". Algoritmi per problemi di ricerca combinatoria (quali ad esempio, group testing), di apprendimento automatico (active learning), e data mining (con particolare attenzione a problemi per dati sequenziali e su reti), così come, approcci basati su analisi entropica dei dati e più in generale su diverse misure del contenuto informativo dei dati, possono essere usate per automatizzare in parte o del tutto il processo di estrazione di relazioni di causalità dai dati sperimentali, o nella costruzione di strumenti automatici di supporto nei processi di diagnosi e prognosi di malattie complesse. Computer Science & Engineering
Bioinformatica algoritmica Zsuzsanna Liptak
Sviluppiamo algoritmi per problemi discreti in biologia computazionale, quali l'interpretazione dei dati di spettrometria di massa, il clustering di dati trascriptomici, misure di distanza tra sequenze non basate su allineamento. Computer Science & Engineering
Bioinformatica e Biologia Computazionale Manuele Bicego
Implementazione e valutazione di tecniche di Pattern Recognition e Machine Learning per l'analisi di dati biologici. In particolare l'attenzione è rivolta alla definizione di soluzioni per “dati di conteggio” (dati che misurano il livello di presenza di entità, come dati di espressione o di proteomica) con tecniche probabilistiche. Il fuoco principale è sull'interpretabilità, oggigiorno necessaria nello sviluppo di soluzioni di bioinformatica.
Bioinformatics and Natural Computing Vincenzo Bonnici
Alberto Castellini
Giuditta Franco
Rosalba Giugno
Vincenzo Manca
Luca Marchetti
Roberto Pagliarini
La nostra ricerca è focalizzata sui punti seguenti: 1) Analisi discreta e algoritmica di dinamiche biologiche (metabolismo, replicazione e loro rapporti nei processi cellulari), 2) Analisi informazionale e computazionale di genomi (dizionari genomici, indici genomici, distribuzioni di parametri, rappresentazione di genomi, sintesi e ricostruzione di genomi). In queste aree di ricerca sono sviluppati, teorie, algoritmi e software per esperimenti e analisi computazionali. Computer Science & Engineering
Biological network dynamics Giuditta Franco
Design and analysis of data-driven computational models, for both metabolic and immunological dynamics, based on grammars ruled by state functions. Biological network dynamical properties are investigated in terms of discrete mathematics and model simulation. Membrane and metabolic computing for biological modeling. Genetic network investigation based on computational genomics studies. Computer Science & Engineering
Computational genomics and DNA computing Giuditta Franco
Investigation and classification of genomic sequences by means of information theory based methods. Design and analysis of both bio-inspired and molecular algorithms, along with their lab implementation. Computer Science & Engineering
Neuroimaging Umberto Castellani
Alessandro Daducci
Gloria Menegaz
The main activity is in the field of neuroimaging, including structural (diffusion MRI) and functional (EEG, fNIRS, functional MRI) imaging as well as perceptual analysis through cognitive science methods. The goal is to gain an holistic view of human brain when inspected in specific conditions by the integration of multi-modal multi-scale probing and modeling. In addition, advanced computer vision and pattern recognition methods are employed for designing numerical biomarkers for the characterization of healthy and pathological conditions. Computer Science & Engineering
Sistemi Informativi Sanitari Carlo Combi
Barbara Oliboni
Gestione di informazioni sanitarie/mediche orientate alla costruzione e gestione di cartelle cliniche e gestione di processi e linee guida in ambito clinico. In particolare gli argomenti principali sono: - Sistemi Informativi Temporali in ambito medico - Sistemi temporali di workflow in ambito medico e sanitario: aspetti di modellazione e architettura - Basi di dati temporali multimediali in ambito medico - Data Warehouse temporali e analisi di informazioni basate su tecniche di dati mining - Visualizzazione di dati temporali e multimediali in ambito clinico - Accesso via web ad informazioni cliniche Computer Science & Engineering
Systems Biology, Computational Network Biology Rosalba Giugno
Progettazione di algoritmi e metodi per lo studio di sistemi biologici utilizzando tecniche bioinformatiche e di data mining. L'attenzione è rivolta alla modellazione, alla perturbazione e all'analisi delle reti biologiche; classificazione dei fenotipi mediante profili di espressione codificanti e non; la sinergia dei farmaci e il meccanismo di azione di farmaci-target e off-target. Computer Science & Engineering
Applied computing - Operations research aderente allo standard  ACM 2012
Ricerca Operativa Romeo Rizzi
La ricerca operativa è una disciplina che sviluppa ed applica metodi analitici avanzati allo scopo di produrre decisioni migliori. In termini più moderni vengono spesso utilizzati sinonimi quali "scienze gestionali (management science)" oppure "scienza delle decisioni (decision science)" per indicare questa stessa corrente, comunità, ambito di attività, e disciplina. Utilizzando tecniche di altre discipline matematiche, dalla modellazione, all'analisi statistica, all'ottimizzazione matematica, la ricerca operativa mira a produrre soluzioni ottime o quasi-ottime per complessi problemi di decisione. La ricerca operativa è spesso invocata per determinare il massimo (di un profitto, di una copertura, di una performance) o minimo (di un costo, o rischio, o perdita) di una funzione obiettivo con controparte nel mondo reale. Originata nello sforzo bellico durante la seconda guerra mondiale, le sue tecniche si sono sviluppate ed articolate per affrontare problemi in svariate aziende dal grande boom economico in poi. Oltre alle sue applicazioni nel mondo industriale e nella pianificazione di progetti pubblici (dapprima nazionali, e trasnazionali, poi anche su scala più piccola) la ricerca operativa segna il punto di congiunzione tra matematica e teoria dell'economia. La ricerca operativa contiene numerosi risultati e teorie matematiche profonde ma è al tempo stesso archetipo di una matematica intrinsecamente volta alle applicazioni. In Verona, curiamo applicazioni di Ricerca Operativa per la biologia computazionale e, più recentemente, ci siamo volti a curare un rapporto con le aziende del territorio. Come ricercatori, contribuiamo nell'ottimizzazione combinatorica e nella teoria dei grafi algoritmica, affrontando problemi di natura fondamentale. Esprimiamo inoltre, e cerchiamo di trasmettere agli studenti, competenze nella modellazione e di programmazione matematica. Tra i molti settori della programmazione matematica abbiamo competenze soide nei seguenti: programmazione lineare, programmazione lineare intera, ottimizzazione combinatorica, ottimizzazione multiobiettivo, algoritmi approssimati. Computer Science & Engineering
Gruppi di ricerca
Nome Descrizione URL
Basi di dati e Sistemi Informativi Questo gruppo di ricercatori si occupa di varie tematiche nell'ambito dei sistemi informativi http://stars.di.univr.it
Bioinformatica e Calcolo Naturale Analisi algoritmica di processi biologici http://bioinformatics.di.univr.it/
Visione ed elaborazione delle immagini e suoni (VIPS - Vision, Image Processing & Sound) Computer Vision and Pattern Recognition, Image Processing, and Sound Analysis & Processing http://vips.sci.univr.it/
Progetti
Titolo Responsabili Fonte finanziamento Data inizio Durata (mesi) 
Active Malware Analysis based on Reinforcement Learning techniques Alessandro Farinelli 01/01/18 12
Active targeted nano-therapy against cancer stem cells derived from pancreatic adenocarcinoma. Marta Palmieri 01/01/18 36
AHeAD - Automatic Human behavior Analysis in neurological Diseases: the case of epilepsy - Joint Projects 2012 Gloria Menegaz Ateneo, EB Neuro SpA 18/09/13 24
Analisi sistematica dei meccanismi attenzionali per la percezione Comprehensive analysis of Attentional Mechanisms for Perception Leonardo Chelazzi 01/10/16 24
"An innovative in vitro system, alternative to animal test, to assess the capability of nanoparticles to cross biological barriers" Laura Calderan 01/01/18 24
An IoT-based virtual coaching platform for assisting daily life activities of ageing persons with Down syndrome Graziano Pravadelli 01/01/18 24
Approcci tradizionali e innovativi per l'utilizzo del guado e dell'ortica nell'industria tessile. Linda Avesani 01/02/17 36
Aromatic amino acid decarboxylase deficiency is strictly connected to pyridoxine-related seizures: a biochemical approach to gain insight into inherited neurotransmitters disorders. Mariarita Bertoldi 15/01/17 12
Bias di accuratezza nel rilevamento dell'inganno in contesti interetnici Elena Trifiletti 01/11/16 24
Brain microstructural modeling for improved TMS anchoring - Joint Projects 2015 Gloria Menegaz EB Neuro SpA 01/07/16 24
Caratterizzazione del genoma di Burkholderia mediante sequenziamento basato sull’impiego di nanopori Massimo Delledonne 01/04/17 24
Caratterizzazione in silico e in vitro del recettore orfano 3 accoppiato alla proteina G (GPR3) Alejandro Giorgetti 01/03/17 24
Casi controversi in materia di diritto delle successioni Mauro Tescaro 01/05/17 24
Ceramiche della Magna Grecia. Alle origini della dieta mediterranea. Patrizia Basso 15/02/17 24
Che cos'è la felicità pubblica? Hannah Arendt e l'invenzione di un concetto Olivia Guaraldo 01/09/17 24
Codificatore Automatico in MedDRA Ugo Moretti 03/04/17 24
Comprendere le basi molecolari della sindrome di Usher di tipo 1J: il ruolo dei difetti funzionali in CIB2 Daniele Dell'Orco 01/09/16 24
Comunicazione madre-bambino e sviluppo del linguaggio dopo l'attivazione dell'impianto cocleare: Il ruolo della reazione alla diagnosi, dell'input linguistico materno e delle capacità genitoriali Marinella Majorano 01/02/17 36
Connections. Design of multi-situated model of host, care and support for asylum seekers Rosanna Cima 01/12/17 12
Dallo scriptorium carolingio alla biblioteca di Dante Paolo Pellegrini 01/11/16 24
DCE-MRI IN EXPERIMENTAL MODELS OF NORMAL AND METASTATIC LYMPH NODES Pasquina Marzola 01/05/18 12
Determinazione anticipata di minacce mediante analisi approssimata di similarità in big-code Mila Dalla Preda 01/03/17 24
Development of NGS methodology for the determination of viral genome mutations related to antiviral resistance Davide Gibellini 01/01/18 24
DEVELOPMENT OF SINTHETIC TEXTILE MATERIALS WITH ANTIMICROBIAL PROPERTIES BY USING BIOGENIC SELENIUM NANOPARTICLES Silvia Lampis 15/02/18 24
Dinamiche della metilazione del DNA e loro contributo durante il processo di maturazione della bacca di vite. Silvia Dal Santo 01/03/17 2
DISAGIO PSICHICO NEI MIGRANTI RICHIEDENTI ASILO: SINTESI META-ANALITICA DELLE EVIDENZE E INDAGINE EPIDEMIOLOGICA Corrado Barbui 01/04/17 24
Dispositivi per la valutazione del controllo motorio e biofeedback: dal laboratorio alla tecnologia indossabile Barbara Pellegrini 01/04/17 12
Dissecting common pathophysiological mechanism in Alzheimer’s disease and type 2 diabetes mellitus through systems biology Mario Rosario Buffelli 01/01/18 24
DNA Computing e modelli di interazione intracellulare Vincenzo Manca Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 10/05/02 24
EFFECTIVENESS OF NATURAL ENVIRONMENT TREATMENT FOR SUNDOWNING SYNDROME IN ALZHEIMER’S DISEASE Stefano Tamburin 01/03/18 24
Effect of natural encapsulated antioxidants on the oxidative shelf-life of puff pastry. Gianni Zoccatelli 01/12/17 24
Effetti di nanoparticelle di fosfato ferrico di sintesi nel sistema suolo-pianta: verso un miglioramento dell'efficienza d'uso dei nutrienti nelle piante? Zeno Varanini 01/05/17 24
"Efficient production of cis-genic grapevines with increased resistance against the downy mildew pathogen Plasmopara viticola" Annalisa Polverari 01/02/18 24
Establishment of a protocol for endophytic colonization of Vitis vinifera by plant growth-promoting bacterium Pseudomonas protegens MP12 to enhance resistance to attacks of fungal phytopathogens Giacomo Zapparoli 01/01/18 24
Estensione di analisi OLAP dei dati con operatori temporali e statistici Carlo Combi 01/06/17 24
Estensione di FMI per supporto dei linguaggi ad eventi discreti Franco Fummi 01/02/17 24
Famiglia e responsabilità genitoriale tra riforme e intervento pubblico nell’Europa del sud Francesco Ruscello 01/11/16 24
Further steps towards Network based BioMarkers: algorithms, software and applications Carlo Laudanna 01/01/18 24
Fusione e quality assesment di immagini da TC volumetrica "cone beam" Gloria Menegaz QR s.r.l. 01/07/13 12
"Hacking pancreatic adenocarcinoma drug resistance with novel NO-GEM prodrugs targeting mitochondria and encapsulated in decorated liposomes" Massimo Donadelli 01/07/18 36
Identificazione dei network molecolari paracrini responsabili dell’associazione tra obesità e progressione nel carcinoma del pancrea Davide Melisi 01/01/17 12
Identificazione di nuovi biomarcatori molecolari da esosomi urinari per la caratterizzazione dell’ipertensione arteriosa a bassa renina. Francesca Pizzolo 01/05/17 24
Il conflitto tra “gestione pubblica” e “privata” del servizio idrico: una terza via è possibile? Andrea Guerrini 01/03/17 12
Imparare ad ignorare – Nuove proprietà adatve dell'atenzione seletva Chiara Della Libera 01/09/16 24
Impatto delle tecniche ablative sul tumore del pancreas: studio pre-clinico sugli effetti sul sistema immunitario delle procedure ablative Elettroporazione irreversibile e Termoablazione con Radiofrequenza Claudio Bassi 01/01/17 24
Innovative back contact and doping for improved thin film industrial photovoltaic modules. Alessandro Romeo 01/01/18 24
Interpretazione astratta di COBOL Isabella Mastroeni 01/03/17 24
Investigation of structural and functional brain connectivity from multimodal data - Joint Projects 2014 Gloria Menegaz Ateneo, EB Neuro SpA 01/01/15 24
Isolamento e caratterizzazione di batteri lattici per la valorizzazione di produzioni locali di formaggi di capra in Lessinia (provincia di Verona, Regione Veneto, Italia) Giovanna Felis 01/04/17 36
keb Rolf Aaberge 02/04/17 2
La convergenza della comunicazione aziendale alle esigenze di investitori e altri stakeholder: il ruolo del “report integrato” Riccardo Stacchezzini 03/11/16 24
L’archivio dell’ospedale psichiatrico San Giacomo alla Tomba di Verona: un patrimonio da scoprire Marina Garbellotti 01/01/17 2019
La ricerca di base per la “cura”, non semplicemente “il controllo”, dell’epilessia: il ruolo dell’unità neurovascolare nell’epilettogenesi Paolo Fabene 01/03/17 24
Le regole bancarie di Basilea tra natura giuridica, legittimità ed efficacia Enrico Milano 01/02/17 24
Localizzazione categorica: metodi e fondamenti Lidia Angeleri 01/03/17 24
Looking for a biological role of fruit serotonin in the model species Solanum lycopersicum Flavia Guzzo 01/10/16 24
Lo sviluppo della Muffa Nobile in post-raccolta: effetti sul trascrittoma e metaboloma di uve di diversi genotipi Sara Zenoni 01/12/16 24
Measuring the economic impact of cultural events: Tocatì – International Festival of Street Games Fabio Cassia 01/01/18 24
Meccanismi molecolari della funzione fotoprotettiva nelle piante superiori Luca Dall'Osto 01/01/17 12
Medicated bioactive spray for skin healing Daniela Cecconi 01/12/18 24
Miglioramento dei formulati di idrolizzati proteici allo scopo di aumentare la loro efficacia come fitobiostimolanti Tiziana Pandolfini 01/02/17 24
Miglioramento dell'aroma dei vini mediante evoluzione diretta di enzimi di lieviti non-Saccharomyces Paola Dominici 01/06/17 24
Minimalità e variazione linguistica Birgit Alber 01/10/17 24
Modulation of gene expression profiling in a murine model of ALS after ASC-exosomes treatment. Raffaella Mariotti 01/01/18 24
Modulazione della funzionalità di adipociti e fibroblasti nella lipodistrofia della pelle (cellulite) da parte di dicaffeoilchinnici di estrazione vegetale Marta Vittoria Menegazzi 01/01/17 12
Modulazioni dello spazio peripersonale Valentina Moro 01/03/17 24
Natural compounds against microglia activation in neurodegenerative diseases: STAT1 as drugable target Sofia Giovanna Mariotto 01/05/18 24
NEW SYNERGIES FOR SOCIAL HOUSING Paolo Duret 01/03/18 24
Nuove tecnologie e lotta al (cyber)terrorismo ed al discorso d’odio in Roberto Flor 01/02/17 24
Nuovi Materiali per Nanotermometria Adolfo Speghini 01/02/17 24
Oltre il paradigma Bag of Words: una prospettiva strutturale e statistica Manuele Bicego 01/03/17 24
Optimized Training Strategy for Cycling Federico Schena 08/01/18 24
Ottenimento di sviluppo partenocarpico del frutto di pomodoro mediante genome editing utilizzando il sistema CRISPR/Cas9 Barbara Molesini 01/02/17 24
PHOTO2FIT: Un sistema di raccomandazione automatico per applicazioni street-to-shop Pietro Argeo Della Cristina 01/04/17 36
Potenziale ruolo antitumorale delle cellule dendritiche slan+ (slanDCs) in pazienti affetti da linfomi. Marco Antonio Cassatella 01/08/16 12
PREDYCOS: Una piattaforma reattiva per un sistema complesso che sia personalizzato e dinamico Rosalba Giugno 10/03/17 24
Produzione di linee linfocitarie ingegnerizzate con il sistema CRISPR per lo studio delle malattie linfoproliferative. Maria Romanelli 15/02/17 24
Produzione industrial di Omega-3 e carotenoidi tramite coltivazione di microalghe Matteo Ballottari 01/03/17 24
Profilo di espressione genica dei recettori olfattivi nei neuroni olfattivi di soggetti con sindrome di Down Maria Paola Cecchini 01/04/17 24
Protein Network of the Synaptic Compartment in an in vitro model of Infantile Neuronal Ceroid Lipofuscinosis Alessandro Simonati 01/03/18 24
Realtà Aumentata basata sulla direzione del segnale radio Davide Quaglia 06/03/17 12
Riconsolidamento della memoria appetitiva e sonno: connettomica funzionale e plasticità Cristiano Chiamulera 01/10/16 24
Rigenerazione urbana e creazione sociale. Abitanti e istituzioni che partecipano e apprendono Antonietta De Vita 01/03/17 12
Rimozione automatica di falsi allarmi mediante compilazione Roberto Giacobazzi 13/02/17 24
Rituali antichi: un approccio multidisciplinare. Attilio Mastrocinque 15/01/17 24
Security Static Analysis for Android Things Massimo Merro 01/01/18 24
Semi-sintesi e studi strutturali di Tau ubiquitinata Mariapina D'Onofrio 01/10/16 24
SGGS: algoritmi e implementazione Maria Paola Bonacina 23/03/17 24
Sinica Mediaevalia Europaea. La Cina nelle fonti europee del Medioevo (1200- 1582): censimento e studio Chiara Maria Concina 01/11/16 24
Sviluppo di ceppi di microalghe mesofile per la coltivazione su larga scala in fotobioreattori chiusi o a cielo aperto. Roberto Bassi 01/03/17 24
Sviluppo di popolazioni di vite per Next Generation breeding Diana Bellin 01/07/17 36
Sviluppo di una piattaforma di calcolo per l'analisi di genomi alterati da fenomeni di cromotripsi Vincenzo Manca 01/06/17 24
Sviluppo di un sistema integrato di neuro-navigazione stereotassica per la co-registrazione di immagini anatomiche con dati funzionali di fNIRS, EEG e TMS. Silvia Savazzi 01/04/17 24
Tremor and neurotoxicity of tacrolimus and other immunosuppressant treatments in kidney transplanted patients. Michele Tinazzi 15/01/18 24
Un nuovo metodo per la determinazione della Carbohydrate Deficient Transferrin (CDT) basato su una specifica derivatizzazione a composto fluorescente. Sviluppo di un recente brevetto dell'Università di Verona (WO2015135900 A1). Franco Tagliaro 01/03/17 24
Uso di composti naturali e sicuri in alternativa a quelli convenzionali per il controllo delle patologie e per preservare la biodiversità microbica in vigneto Sandra Torriani 01/03/17 24
vEyes Wear: open hardware and software wearable platform Damiano Carra 15/01/18 12
VOLONTARIATO D'IMPRESA: UNA RELAZIONE VINCENTE PER IMPRESE, ORGANIZZAZIONI NON PROFIT E COMUNITÀ Anna Maria Meneghini 01/03/17 12
Well-Being from Plants: Potential of Resurrection Plants for Phyto-Cosmetic and Phyto-Pharmaceutical Applications Antonella Furini 01/01/18 24

Attività

Strutture