Biologia molecolare - LABORATORIO DI BIOINFORMATICA II (2009/2010)

Codice insegnamento
4S00800
Crediti
6
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    Settore disciplinare
    BIO/10 - BIOCHIMICA
    Lingua di erogazione
    Italiano
    L'insegnamento è organizzato come segue:
    Attività Crediti Periodo Docenti Orario
    Teoria 3 I semestre Alejandro Giorgetti
    Laboratorio 3 I semestre Alejandro Giorgetti

    Orario lezioni

    Obiettivi formativi

    Acquisizione degli strumenti bioinformatici per l'analisi, l'interpretazione e la predizione di dati biologici in proteomica, genomica, biochimica, biologia molecolare e strutturale.

    Programma

    Strumenti bioinformatici per l'analisi di fenomeni di evoluzione molecolare e filogenesi: Orologio molecolare, modelli di sostituzione, filogenesi molecolare, metodi per la costruzione degli alberi filogenetici (algoritmi di clustering, metodi che massimizzano funzione obiettiva).
    Programmi per la predizione della struttura tridimensionale di una proteina: modelling comparativo, Fold recognition e Ab initio.
    Predizione automatica di geni utilizzando i programmi di ultima generazione.
    Validazione delle predizioni geniche utilizzando dati di espressione
    genica.
    Annotazione funzionale e geni ortologhi.
    Microarray. Uso dei principali programmi e delle banche dati per elaborazione, archiviazione e recupero di informazioni da microarray.
    Introduzione ai calcoli energetici delle proteine: MD simulations, docking ligando-proteina e docking proteina-proteina

    Modalità d'esame

    Scritto