Modelli biologici discreti (2019/2020)

Codice insegnamento
4S01908
Docente
Vincenzo Bonnici
Coordinatore
Vincenzo Bonnici
crediti
6
Settore disciplinare
INF/01 - INFORMATICA
Lingua di erogazione
Italiano
Periodo
II semestre dal 2-mar-2020 al 12-giu-2020.

Orario lezioni

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Obiettivi formativi

Acquisizione di metodi della matematica discreta nella analisi di fenomeni biologici, con particolare riguardo alla analisi computazionale di genomi. In particolare la probabilità discreta e la teoria dell'informazione sono rivisitate nella prospettiva della analisi di genomi.

Programma

Notazioni fondamentali su sequenze e stringhe. Problema della sottostringa e delle superstringhe. Ordinamento lessicografico e suffix arrays. Schemi combinatori avanzati e probabilita' discreta. Sequenze random e principali leggi di probabilita' su di esse (Bernoulli, Poisson, Esponenziale, Gauss). Sorgenti informative ed entropia. Entropia condizionale, divergenze entropiche e mutua informazione. Genomi, indici genomici, dizionari genomici, distribuzioni ed entropie genomiche. Rappresentazioni, visualizzazioni di genomi. Tipi di codici e codice genetico. Duplicazioni di sequenze e sequenze doppie. Paradosso di sequenza e altri paradossi della vita. Dinamiche cellulari ed equazioni ricorrenti. Reti biologiche e loro aspetti principali.

Testi di riferimento
Autore Titolo Casa editrice Anno ISBN Note
T. M. Cover, J. A. Thomas Elements of Information Theory (Edizione 1) John Wiley & Sons, Inc. 1991 0471062596
Vincenzo Manca Infobiotics Springer 2013
Sebastian Bassi Python for Bioinformatics (Edizione 2) Routledge 2017 1138035262

Modalità d'esame

L'esame consiste in una verifica orale più lo sviluppo di un progetto.
L'esame orale verte su tutto il programma del corso e la valutazione è espressa in trentesimi.
Il progetto viene concordato con lo studente a partire da una lista di progetti porposti dal docente. La valutazione del progetto è espressa in trentesimi.
Il voto finale è la media delle due valutazioni, prova orale e progetto.