Biomedicine and bioinformatics databases (2020/2021)



Codice insegnamento
4S004549
Crediti
12
Coordinatore
Carlo Combi
Settore disciplinare
ING-INF/05 - SISTEMI DI ELABORAZIONE DELLE INFORMAZIONI
Lingua di erogazione
Inglese
L'insegnamento è organizzato come segue:
Attività Crediti Periodo Docenti Orario
Biomedical and bioinformatic data management 6 II semestre, I semestre Carlo Combi

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Fundamentals of database systems Teoria 5 II semestre, I semestre Carlo Combi

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Fundamentals of database systems Lab. 1 II semestre, I semestre Carlo Combi

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Obiettivi formativi

Conoscenza e capacità di comprensione: Scopo dell'insegnamento è quello di fornire allo studente la conoscenza e comprensione delle basi teoriche, metodologiche e tecnologiche dei sistemi di basi di dati e del loro uso per la gestione di dati e informazioni biomediche/bioinformatiche. Conoscenze applicate e capacità di comprensione: Lo studente sarà dunque in grado di a) definire in un modello formale la struttura e le proprietà di collezioni di dati complessi; b) specificare una interrogazione su dati complessi in un linguaggio di interrogazione formale; c) comprendere le esigenze di gestione dell'informazione biomedica. Autonomia di giudizio: In fase di progettazione di un sistema, capacità di proporre in modo autonomo soluzioni efficaci ed efficienti per il dominio applicativo biomedico e bioinformatico. Abilità comunicative: Lo studente sarà, inoltre, in grado di interagire con interlocutori vari in un ambito multidisciplinare biomedico e bioinformatico. Capacità di apprendere: Capacità di apprendere nuove metodologie e tecnologie per la gestione dei dati e applicarle nell'ambito biomedico/bioinformatico.

Programma

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MM: Fundamentals of database systems Teoria
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- Il modello relazionale: calcolo relazionale, dipendenze funzionali, forme normali e decomposizioni.
- Progettazione concettuale dei dati in UML (modellazione dati non relazionali)
- Basi di dati ad oggetti e "object-relational": modellazione dei dati ed interrogazione in SQL 3, modellazione concettuale con UML e traduzione di schemi UML in SQL 3.
- Basi di dati temporali: concetti di base, modelli e linguaggi di interrogazione (TSQL2, SQL:2011).

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MM: Fundamentals of database systems Lab.
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- esercitazioni su SQL 3 in postgreSQL

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MM: Biomedical and bioinformatic data management
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* Cartelle Cliniche e sistemi di gestione di cartelle cliniche
* Basi di dati temporali: aspetti avanzati
* Basi di dati temporali cliniche
* Interrogazione di dati biomedici XML: Xpath e Xquery
* Tecniche di recupero dell'informazione in medicina

Modalità d'esame

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MM: Fundamentals of database systems Teoria
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L'esame del modulo prevede una prova scritta di circa 2,5 ore contenente: (i) alcuni esercizi sulla specifica di interrogazioni e progettazione di basi di dati utilizzando i diversi modelli previsti nel programma e (ii) domande aperte sulla teoria.
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MM: Fundamentals of database systems Lab.
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Vedi modulo di teoria

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MM: Biomedical and bioinformatic data management
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La verifica del profitto avviene mediante una prova orale, nella quale vengono proposte sia domande sulle parti più teoriche sia brevi esercizi sugli aspetti più applicativi.