Biomedicine and bioinformatics databases (2019/2020)



Codice insegnamento
4S004549
Crediti
12
Coordinatore
Carlo Combi
Altri corsi di studio in cui è offerto
Altri corsi di studio in cui è offerto
    Settore disciplinare
    ING-INF/05 - SISTEMI DI ELABORAZIONE DELLE INFORMAZIONI
    Lingua di erogazione
    Inglese
    L'insegnamento è organizzato come segue:
    Attività Crediti Periodo Docenti Orario
    Biomedical and bioinformatic data management 6 II semestre Carlo Combi

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    Fundamentals of database systems Teoria 5 I semestre Alberto Belussi

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    Fundamentals of database systems Lab. 1 I semestre Alberto Belussi

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    Obiettivi formativi

    Conoscenza e capacità di comprensione: Scopo dell'insegnamento è quello di fornire allo studente la conoscenza e comprensione delle basi teoriche, metodologiche e tecnologiche dei sistemi di basi di dati e del loro uso per la gestione di dati e informazioni biomediche/bioinformatiche. Conoscenze applicate e capacità di comprensione: Lo studente sarà dunque in grado di a) definire in un modello formale la struttura e le proprietà di collezioni di dati complessi; b) specificare una interrogazione su dati complessi in un linguaggio di interrogazione formale; c) comprendere le esigenze di gestione dell'informazione biomedica. Autonomia di giudizio: In fase di progettazione di un sistema, capacità di proporre in modo autonomo soluzioni efficaci ed efficienti per il dominio applicativo biomedico e bioinformatico. Abilità comunicative: Lo studente sarà, inoltre, in grado di interagire con interlocutori vari in un ambito multidisciplinare biomedico e bioinformatico. Capacità di apprendere: Capacità di apprendere nuove metodologie e tecnologie per la gestione dei dati e applicarle nell'ambito biomedico/bioinformatico.

    Programma

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    MM: Biomedical and bioinformatic data management
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    * Cartelle Cliniche e sistemi di gestione di cartelle cliniche * Basi di dati temporali: aspetti avanzati * Basi di dati temporali cliniche * Interrogazione di dati biomedici XML: Xpath e Xquery * Tecniche di recupero dell'informazione (cenni)
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    MM: Fundamentals of database systems Teoria
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    - Il modello relazionale: calcolo relazionale, dipendenze funzionali, forme normali e decomposizioni. - Progettazione concettuale dei dati in UML (modellazione dati non relazionali) - Basi di dati ad oggetti e "object-relational": modellazione dei dati ed interrogazione in SQL 3, modellazione concettuale con UML e traduzione di schemi UML in SQL 3. - Basi di dati spazio-temporali: concetti di base, modelli e linguaggi di interrogazione (TSQL2, Simple Feature Specification for SQL - OGC). - Cenni ai sistemi per la gestione di dati di grandi dimensioni (big data systems): Hadoop
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    MM: Fundamentals of database systems Lab.
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    - esercitazioni su SQL 3 in postgreSQL - esercitazione su interrogazioni spazio-temporali in PostGIS

    Modalità d'esame

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    MM: Biomedical and bioinformatic data management
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    La verifica del profitto avviene mediante una prova orale, nella quale vengono proposte sia domande sulle parti più teoriche sia brevi esercizi sugli aspetti più applicativi.
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    MM: Fundamentals of database systems Teoria
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    L'esame del modulo prevede una prova scritta di circa 2,5 ore contenente: (i) alcuni esercizi sulla specifica di interrogazioni e progettazione di basi di dati utilizzando i diversi modelli previsti nel programma e (ii) domande aperte sulla teoria. E' prevista durante l'anno in data da concordare con gli studenti una prova intermedia sulla parte di programma riguardante il modello relazionale: calcolo relazionale, dipendenze funzionali e forme normali.
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    MM: Fundamentals of database systems Lab.
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    Vedi modulo di teoria

    Testi di riferimento
    Attività Autore Titolo Casa editrice Anno ISBN Note
    Fundamentals of database systems Teoria Paolo Atzeni, Stefano Ceri, Piero Fraternali, Stefano Paraboschi, Riccardo Torlone Basi di dati (Edizione 5) McGraw Hill 2018 9788838694455
    Fundamentals of database systems Teoria R. Elmasri, S. B. Navathe Fundamentals of Database Systems (Edizione 1) Addison-Wesley 1994 0805317481
    Fundamentals of database systems Teoria M. F. Worboys GIS: A Computing Perspective (Edizione 1) Taylor & Francis 1995 0748400656
    Fundamentals of database systems Teoria J. D. Ullman Principles of Database and Knowledge-base Systems Computer Science Press  
    Fundamentals of database systems Teoria R. Elmasri, S.H. Navathe Sistemi di Basi di Dati: Fondamenti (Edizione 6) Pearson 2011 978-88-7192-628-5
    Fundamentals of database systems Teoria P. Rigaux, M. Scholl and A. Voisard Spatial Databases with Application to GIS Morgan Kaufmann  
    Fundamentals of database systems Lab. Autori Vari Manuale di Postgresql (https://www.postgresql.org/docs/) Postgresql