Modelli biologici discreti (2017/2018)

Codice insegnamento
4S01908
Docente
Vincenzo Manca
Coordinatore
Vincenzo Manca
crediti
6
Settore disciplinare
INF/01 - INFORMATICA
Lingua di erogazione
Italiano
Periodo
II sem. dal 1-mar-2018 al 15-giu-2018.

Orario lezioni

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Obiettivi formativi

Acquisizione di metodi della matematica discreta nella analisi di fenomeni biologici, con particolare riguardo alla analisi computazionale di genomi. In particolare la probabilità discreta e la teoria dell'informazione sono rivisitate nella prospettiva della analisi di genomi.

Programma

Notazioni fondamentali su sequenze e stringhe. Problema della sottostringa e delle superstringhe. Ordinamento lessicografico e suffix arrays. Schemi combinatori avanzati e probabilita' discreta. Sequenze random e principali leggi di probabilita' su di esse (Bernoulli, Poisson, Esponenziale, Gauss). Sorgenti informative ed entropia. Entropia condizionale, divergenze entropiche e mutua informazione. Genomi, indici genomici, dizionari genomici, distribuzioni ed entropie genomiche. Rappresentazioni, visualizzazioni di genomi. Tipi di codici e codice genetico. Duplicazioni di sequenze e sequenze doppie. Paradosso di sequenza e altri paradossi della vita. Dinamiche cellulari ed equazioni ricorrenti. Reti biologiche e loro aspetti principali.

Testi di riferimento
Autore Titolo Casa editrice Anno ISBN Note
Vincenzo Manca Infobiotics Springer 2013

Modalità d'esame

Orale, con possibile progetto.


Materiale didattico

Teaching Material
- Manca V. - Topics in discrete mathematics (Dispense gratuitamente distribuite ad inizio del corso, 130 pagine, 2017)
- Bonnici V, Manca V - Informational laws of genome structures. Scientific Report, Volume 6, Article number 28840 doi 10.1038/srep28840, Nature Publishing Group (2016)
- Manca V. - The principles of informational genomics. Theoretical Computer Science (C), doi 10.1016/j.tcs.2017.02.0352017. Elsevier B. V. (2017)

Statistiche per i requisiti di trasparenza (Attuazione Art. 2 del D.M. 31/10/2007, n. 544)

I dati relativi all'AA 2017/2018 non sono ancora disponibili