Biomedicine and bioinformatics databases (2016/2017)



Codice insegnamento
4S004549
Crediti
12
Coordinatore
Carlo Combi
Altri corsi di studio in cui è offerto
Altri corsi di studio in cui è offerto
    Settore disciplinare
    ING-INF/05 - SISTEMI DI ELABORAZIONE DELLE INFORMAZIONI
    Lingua di erogazione
    Inglese
    L'insegnamento è organizzato come segue:
    Attività Crediti Periodo Docenti Orario
    Fundamentals of database systems 6 I sem. Alberto Belussi
    Biomedical and bioinformatic data management 6 II sem. Carlo Combi

    Orario lezioni

    II sem.
    Attività Giorno Ora Tipo Luogo Note
    Biomedical and bioinformatic data management martedì 11.30 - 13.30 lezione Aula G  
    Biomedical and bioinformatic data management venerdì 11.30 - 14.30 lezione Aula G dal 24-mar-2017  al 9-giu-2017
    Biomedical and bioinformatic data management venerdì 14.30 - 15.30 lezione Aula G  
    I sem.
    Attività Giorno Ora Tipo Luogo Note
    Fundamentals of database systems mercoledì 10.30 - 12.30 lezione Aula G dal 6-ott-2016  al 11-ott-2016
    Fundamentals of database systems mercoledì 10.30 - 12.30 lezione Sala Verde dal 12-ott-2016  al 11-nov-2016
    Fundamentals of database systems mercoledì 10.30 - 12.30 lezione Aula G dal 12-nov-2016  al 31-gen-2017
    Fundamentals of database systems venerdì 10.30 - 13.30 lezione Aula G  

    Obiettivi formativi

    Scopo dell'insegnamento è quello di fornire allo studente la conoscenza e comprensione dei concetti di base nell'ambito delle basi di dati e del loro uso per la gestione di dati e informazioni biomediche. Lo studente sarà dunque in grado di comprendere le esigenze di gestione dell'informazione biomedica e di proporre in modo autonomo soluzioni efficaci ed efficienti per il dominio biomedico. Lo studente sarà, inoltre, in grado di interagire con interlocutori vari in un ambito multidisciplinare e non avrà problemi nell'apprendere nuove metodologie e tecnologie per la gestione dei dati e applicarle nell'ambito biomedico.

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    MM: Fundamentals of database systems
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    Questo modulo si propone di fornire allo studente i concetti fondazionali delle basi di dati rispetto al modello relazionale dei dati, ai modelli dei dati ad oggetti e semistrutturati (con particolare riferimento a XML), ai modelli per i dati spazio-temporali ed ai relativi linguaggi di interrogazione.
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    MM: Biomedical and bioinformatics data management
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    L'insegnamento considera il contesto della modellazione e gestione di basi di dati biomediche e bioinformatiche. In particolare, l'insegnamento si focalizza sulla modellazione orientata agli oggetti, sulla modellazione e interrogazione di dati semistrutturati e sulle opportune tecniche di recupero dell'informazione.

    Programma

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    MM: Fundamentals of database systems
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    * Il modello relazionale: calcolo relazionale, dipendenze funzionali, forme normali e decomposizioni.
    * Progettazione concettuale di basi di dati in UML
    * Basi di dati ad oggetti e "object-relational": modellazione ed interrogazione in SQL 3, modellazione concettuale con UML.
    * Basi di dati semistrutturate: concetti di base, XML, XML Schema, modellazione concettuale con UML.
    * Basi di dati spazio-temporali: concetti di base, modelli e linguaggi di interrogazione (TSQL2, Simple Feature Specification for SQL - OGC).
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    MM: Biomedical and bioinformatics data management
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    * Basi di dati temporali: aspetti avanzati
    * Basi di dati temporali cliniche
    * Interrogazione di dati biomedici XML: Xpath e Xquery
    * Cartelle Cliniche e sistemi di gestione di cartelle cliniche
    * Tecniche di recupero dell'informazione (cenni)

    Modalità d'esame

    Il voto complessivo deriva dalla media dei voti ottenuti per i due moduli.
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    MM: Fundamentals of database systems
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    L'esame del modulo prevede una prova scritta di circa 2,5 ore contenente: (i) alcuni esercizi sulla specifica di interrogazioni e progettazione di basi di dati utilizzando i diversi modelli previsti nel programma e (ii) domande aperte sulla teoria. E' prevista durante l'anno in data da concordare con gli studenti una prova intermedia sulla parte di programma riguardante il modello relazionale: calcolo relazionale, dipendenze funzionali e forme normali.
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    MM: Biomedical and bioinformatics data management
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    La verifica del profitto avviene mediante una prova orale, nella quale vengono proposte sia domande sulle parti più teoriche sia brevi esercizi sugli aspetti più applicativi.

    Testi di riferimento
    Attività Autore Titolo Casa editrice Anno ISBN Note
    Fundamentals of database systems R. Elmasri, S. B. Navathe Fundamentals of Database Systems (Edizione 1) Addison-Wesley 1994 0805317481
    Fundamentals of database systems J. D. Ullman Principles of Database and Knowledge-base Systems Computer Science Press  
    Biomedical and bioinformatic data management S. Abiteboul, P. Buneman, D. Suciu Data on the Web: from relations to semistructured data and XML (Edizione 1) Morgan Kaufmann 1999 155860622X
    Biomedical and bioinformatic data management C. Combi, E. Keravnou-Papailiou, Y. Shahar Temporal Information Systems in Medicine (Edizione 1) Springer 2010 978-1-4419-6542-4

    Opinione studenti frequentanti - 2015/2016


    Statistiche per i requisiti di trasparenza (Attuazione Art. 2 del D.M. 31/10/2007, n. 544)

    I dati relativi all'AA 2016/2017 non sono ancora disponibili