Basi di dati per bioinformatica (2009/2010)

Codice insegnamento
4S02712
Crediti
12
Coordinatore
Carlo Combi
Altri corsi di studio in cui è offerto
Altri corsi di studio in cui è offerto
    Settore disciplinare
    INF/01 - INFORMATICA
    Lingua di erogazione
    Italiano
    L'insegnamento è organizzato come segue:
    Attività Crediti Periodo Docenti
    Teoria 9 II semestre, I semestre Carlo Combi
    Laboratorio 3 II semestre Carlo Combi

    Orario lezioni

    I semestre
    Attività Giorno Ora Tipo Luogo Note
    Teoria lunedì 11.30 - 13.30 lezione Aula D  
    Teoria martedì 8.30 - 10.30 lezione Aula F  
    II semestre
    Attività Giorno Ora Tipo Luogo Note
    Teoria lunedì 11.30 - 13.30 lezione Aula C  
    Teoria martedì 9.30 - 11.30 lezione Aula C  
    Laboratorio lunedì 14.30 - 17.30 laboratorio Laboratorio didattico Alfa  

    Obiettivi formativi

    L'insegnamento ha lo scopo di fornire allo studente le conoscenze necessarie per la progettazione e l'implementazione di una base di dati e delle relative applicazioni. In particolare si illustreranno in dettaglio le metodologie per la progettazione concettuale e logica di una base di dati, per la successiva realizzazione della stessa sui più diffusi sistemi per la gestione di basi di dati, e si illustreranno le caratteristiche fondamentali del linguaggio di interrogazione SQL e dell'algebra relazionale. Si presenteranno inoltre metodologie per la progettazione di un sito web centrato sui dati e approcci specifici per la memorizzazione di informazioni bioinformatiche in basi di dati.

    Programma

    * Introduzione ai sistemi per la gestione di basi di dati. Architettura e funzionalità di un sistema per la gestione di basi di dati.
    * Modelli dei dati per i sistemi di gestione di basi di dati. Il modello relazionale.
    * Interazione con una base di dati: introduzione ai linguaggi per la definizione, modifica e interrogazione di una base di dati. L’algebra relazionale. Il linguaggio SQL.
    * Progettazione di una base di dati. Metodologia. Il modello Entità-Relazione (E-R). Progettazione logica di una base di dati: Lo schema logico di una base di dati. Traduzione di schemi concettuali in schemi relazionali.
    * L'architettura interna di un sistema per la gestione di basi di dati: Rilevanza dei sistemi transazionali. Proprietà delle transazioni. Metodi di accesso ai dati: strutture dati sequenziali e indici (B-trees e hashing).
    * Applicazioni web e bioinformatiche. Reti di calcolatori (concetti di base). Modelli per dati semistrutturati; XML per la bioinformatica. Tecniche per l'interazione tra una applicazione e un DBMS. Metodologie di progettazione di una applicazione Web. Il modello MVC. Progettazione di applicazioni web e bioinformatiche che interagiscono con un DBMS.

    Modalità d'esame

    L'esame consiste in una prova scritta sul contenuto dell'insegnamento (teoria e laboratorio) della durata di circa 3 ore e 30.

    Testi di riferimento
    Attività Autore Titolo Casa editrice Anno ISBN Note
    Teoria P. Atzeni, S. Ceri, P. Fraternali, S. Paraboschi, R. Torlone Basi di dati. Architetture e linee di evoluzione McGraw-Hill 2003 88-386-603
    Teoria P. ATZENI, S. CERI, S. PARABOSCHI, R. TORLONE Basi di dati- Modelli e linguaggi di interrogazione (Edizione 3) McGraw-Hill 2009 9788838666001
    Teoria Don Box, Aaron Skonnard, John Lam Essential XML: Oltre il Markup Addison Wesley 2001 8871921186
    Teoria Elliotte Rusty Harold, W. Scott Means XML Guida di riferimento Apogeo 2001 8873038174
    Materiale didattico
    Titolo Formato (Lingua, Dimensione, Data pubblicazione)
    BD per Bionformatica - Corsi.jsp (lezione 8)  octet-streamoctet-stream (it, 1 KB, 03/05/10)
    BD per Bionformatica - daFare.jsp (lezione 9)  octet-streamoctet-stream (it, 0 KB, 10/05/10)
    BD per Bionformatica - ElencoCorsiStudio.jsp (lezione 9)  octet-streamoctet-stream (it, 0 KB, 10/05/10)
    BD per Bionformatica - Esempi jsp (lezione 8)  zipzip (it, 1 KB, 03/05/10)
    BD per Bionformatica - esercizi I  pdfpdf (it, 65 KB, 08/03/10)
    BD per Bionformatica - esercizi II  pdfpdf (it, 80 KB, 08/03/10)
    BD per Bionformatica - esercizi III  pdfpdf (it, 73 KB, 15/03/10)
    BD per Bionformatica - esercizi IV  pdfpdf (it, 62 KB, 22/03/10)
    BD per Bionformatica - esercizi IX  pdfpdf (it, 64 KB, 10/05/10)
    BD per Bionformatica - esercizi V  pdfpdf (it, 59 KB, 12/04/10)
    BD per Bionformatica - esercizi VI  pdfpdf (it, 65 KB, 19/04/10)
    BD per Bionformatica - esercizi VII  pdfpdf (it, 57 KB, 26/04/10)
    BD per Bionformatica - esercizi VIII  pdfpdf (it, 63 KB, 03/05/10)
    BD per Bionformatica - esercizi X  pdfpdf (it, 60 KB, 17/05/10)
    BD per Bionformatica - esercizi XI  pdfpdf (it, 58 KB, 24/05/10)
    BD per Bionformatica - esercizi XII  pdfpdf (it, 58 KB, 31/05/10)
    BD per Bionformatica - lucidi laboratorio I  pdfpdf (it, 190 KB, 08/03/10)
    BD per Bionformatica - lucidi laboratorio II  pdfpdf (it, 173 KB, 08/03/10)
    BD per Bionformatica - lucidi laboratorio III  pdfpdf (it, 281 KB, 15/03/10)
    BD per Bionformatica - lucidi laboratorio IV  pdfpdf (it, 214 KB, 22/03/10)
    BD per Bionformatica - lucidi laboratorio IX  pdfpdf (it, 399 KB, 10/05/10)
    BD per Bionformatica - lucidi laboratorio pgAdmin  pdfpdf (it, 500 KB, 22/03/10)
    BD per Bionformatica - lucidi laboratorio V  pdfpdf (it, 2548 KB, 12/04/10)
    BD per Bionformatica - lucidi laboratorio VI  pdfpdf (it, 367 KB, 19/04/10)
    BD per Bionformatica - lucidi laboratorio VII  pdfpdf (it, 816 KB, 26/04/10)
    BD per Bionformatica - lucidi laboratorio VIII  pdfpdf (it, 869 KB, 03/05/10)
    BD per Bionformatica - lucidi laboratorio X  pdfpdf (it, 247 KB, 17/05/10)
    BD per Bionformatica - lucidi laboratorio XI  pdfpdf (it, 200 KB, 24/05/10)
    BD per Bionformatica - main.java (lezione 9)  octet-streamoctet-stream (it, 3 KB, 10/05/10)
    BD per Bionformatica - NCI_CancerIndex_allphases_diseaseExcerpt.zip (lezione 11)  zipzip (it, 410 KB, 24/05/10)
    Servlet_With_Bean  x-gzipx-gzip (it, 3 KB, 26/04/10)
    Servlet_Without_Bean  x-gzipx-gzip (it, 2 KB, 26/04/10)
    Tomcat  zipzip (it, 63 KB, 19/04/10)

    Statistiche per i requisiti di trasparenza (Attuazione Art. 2 del D.M. 31/10/2007, n. 544)

    Statistiche esiti
    Esiti Esami Esiti Percentuali Media voti Deviazione Standard
    Positivi 53.40% 25 3
    Respinti --
    Assenti 13.63%
    Ritirati 31.81%
    Annullati 1.13%
    Distribuzione degli esiti positivi
    18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 30 e Lode
    2.1% 0.0% 6.3% 2.1% 10.6% 10.6% 8.5% 12.7% 4.2% 12.7% 8.5% 8.5% 4.2% 8.5%

    Valori relativi all'AA 2009/2010 calcolati su un totale di 88 iscritti. I valori in percentuale sono arrotondati al numero intero più vicino.