Laboratorio di bioinformatica I (2008/2009)

Obiettivi formativi

Il laboratorio si propone di fornire allo studente
le basi teoriche e una panoramica delle possibili applicazioni
dei principali strumenti bioinformatici di uso corrente in proteomica,genomica, biochimica,biologia molecolare e strutturale. In particolare, proponendo una dettagliata introduzione alle banche dati biomolecolari.
Il corso si propone di mettere in grado lo studente di utilizzare con dimestichezza in laboratorio gli strumenti illustrati in aula.

Introduzione ai recenti sviluppi delle banche dati di interesse biologico e al loro utilizzo.

- Introduzione alla bioinformatica con speciale attenzione alle banche dati:
organizzazione delle banche dati.
Integrazione di banche dati basate su collegamenti.
Banche dati di sequenze di proteine e acidi nucleici;
di strutture biomolecolari o di composti di interesse biologico; banche dati bibliografiche e specialistiche;
Esempi di file formats dalle diverse banche dati.

Le banche dati biomolecolari.
Banche dati bibliografiche: PubMed.
Banche dati di sequenze di acidi nucleici: EMBL, GenBank
Banche dati di sequenze di proteine: PIR, SWISSPROT, TrEMBL.
Banche dati di strutture: PDB, NDB.
Classificazioni delle strutture proteiche: SCOP, CATH, DALI.
Progetti genomici: ENSEMBL e TIGR
Gene Onthology

Algoritmi di Ricerca ed allineamento
FASTA e BLAST
PSI-BLAST
Matrici di sustituizione: BLOSUM e PAM
Allineamento di sequenze: a coppie e multiplo
ROC curves

Scritto