Programmazione per bioinformatica - Teoria (2006/2007)

Obiettivi formativi

Scopo del corso è fornire alcuni concetti base per iniziare a programmare. A un’introduzione alla stesura di algoritmi e loro codifica in termini di linguaggi di programmazione segue una trattazione orientata all’apprendimento del linguaggio Java e all’uso degli oggetti. La parte conclusiva del corso è dedicata a illustrare le caratteristiche di base del linguaggio Perl, dato il notevole interesse rivestito da questo linguaggio in campo bioinformatico.
Alla fine del corso lo studente è in grado di leggere semplici programmi in Java e di usare oggetti predefiniti all’interno di codice autonomamente scritto. Parimenti, sarà in grado di produrre script in linguaggio Perl contenenti funzioni nuove o applicando funzionalità di libreria.

Prima parte (ottobre-dicembre)

L'organizzazione del computer e i linguaggi di programmazione.

Compilazione, interpretazione ed esecuzione.

Scrittura di codice in ambiente Emacs.

Java:
- Java Virtual Machine
- Esecuzione in ambiente Unix
- Classi e oggetti
- Prototipi e segnature
- Variabili e tipi
- Le istruzioni if e if…else
- Il tipo boolean. Condizioni
- Le istruzioni while e do…while
- L'istruzione for. Variabili indice
- Operazioni. Espressioni. Precedenza. Conversioni di tipo
- Tipi enumerativi
- L'istruzione switch
- File di input.

Seconda parte (gennaio-marzo)

- Array: dichiarazione, creazione e accesso agli elementi
- Inizializzazione esplicita degli array
- Parametri della riga di comando
- Array e tipi enumerativi
- Array multidimensionali
- Introduzione ai tipi generici
- Passaggio dei parametri durante l’invocazione di metodi. Ritorno.
- Organizzazione della memoria
- Metodi ricorsivi
- Metodi con un numero variabile di argomenti.

Perl:
- Esecuzione in ambiente Unix
- Operazioni. Espressioni. Precedenza. Conversioni di tipo
- File di input
- Operazioni su stringhe
- Array: dichiarazione, creazione e accesso agli elementi
- Istruzioni if…else, if…elsif…else, unless
- Istruzioni while, do…while e loro varianti until. Forme abbreviate.
- Istruzioni for e foreach
- Funzioni. Passaggio di parametri. Valori di ritorno. Visibilità delle variabili.

Le lezioni propongono parte dei contenuti dei libri di testo adottati, i quali si pongono dunque come riferimento sufficiente per l'acquisizione delle competenze necessarie al superamento dell'esame.

L'esame consiste nel realizzare o modificare alcuni programmi. Esso e' unificato con l'esame del corso di Laboratorio di Programmazione per Bioinformatica, e viene erogato di concerto con gli altri insegnamenti di Programmazione. La sua valutazione tiene conto della correttezza dei programmi, ma anche della loro semplicità, chiarezza e compilabilità.

Ci sono due modi (non esclusivi fra loro) per superare l'esame di Programmazione e Laboratorio di Programmazione:

1) (consigliato): superando con successo entrambe le prove parziali che si svolgeranno in dicembre 2006 e marzo 2007;

2) superando con successo uno dei sei appelli di Programmazione e Laboratorio di Programmazione che si svolgeranno durante l'anno accademico, con date che verranno pubblicizzate. Se si consegna a uno di questi sei appelli, il voto delle prove parziali o quello dell'appello precedente viene automaticamente invalidato.